曾文锋博士
姓名：曾文锋
学历：博士研究生
研究兴趣
基于质谱技术的计算蛋白质组学，主要研究兴趣包括：
l 基于质谱技术的完整糖肽鉴定算法与软件开发
l 机器学习/深度神经网络在蛋白质质谱中的应用
教育经历
2010–2016：中国科学院计算技术研究所，计算机科学与技术，硕博连读
2006–2010：西安电子科技大学，软件工程，学士
研究经历
中国科学院计算技术研究所，助理研究员
2017年至今，
l 完整糖肽鉴定算法与软件pGlyco 2.0，和完整糖肽从头测序算法pGlycoNovo
l 基于深度神经网络的肽段理论谱图预测模型与算法pDeep
中国科学院计算技术研究所，博士
2014年至2016年，
l 完整糖肽鉴定算法pGRIP
l 完整糖肽鉴定算法与软件pGlyco和pGlyco 2.0
2011年至2013年，
l 机器学习算法在蛋白质搜索引擎后处理中的应用
l 开放式搜索引擎pFind 2.9
代表论文
1、 Ming-Qi Liu*, Wen-Feng Zeng* (并列一作), Pan Fang*, Wei-Qian Cao*, Chao Liu*, Guo-Quan Yan, Yang Zhang, Chao Peng, Jian-Qiang Wu, Xiao-Jin Zhang, Hui-Jun Tu, Hao Chi, Rui-Xiang Sun, Yong Cao, Meng-Qiu Dong, Bi-Yun Jiang, Jiang-Ming Huang, Hua-Li Shen, Catherine C. L. Wong, Si-Min He & Peng-Yuan Yang. pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification. Nature Communications, 2017 8: 438.
2、 Wen-Feng Zeng*, Ming-Qi Liu*, Yang Zhang*, Jian-Qiang Wu*, Pan Fang, Chao Peng, Aiying Nie, Guoquan Yan, Weiqian Cao, Chao Liu, Hao Chi, Rui-Xiang Sun, Catherine C. L. Wong, Si-Min He, Pengyuan Yang. pGlyco: a pipeline for the identification of intact N-glycopeptides by using HCD- and CID-MS/MS and MS3. Scientific Reports, 2016, 6: 25102.
3、 曾文锋，张扬，刘铭琪，吴建强，张晓今，杨皓，刘超，迟浩，张昆，孙瑞祥，杨芃原，贺思敏. N-糖肽的规模化质谱解析方法进展. 生物化学与生物物理进展, 2016, 43(6): 550-562.
4、 Xie-Xuan Zhou*, Wen-Feng Zeng* (并列一作), Hao Chi, Chun-Jie Luo, Chao Liu, Jian-Feng Zhan, Si-Min He, and Zhi-Fei Zhang. pDeep: Predicting MS/MS Spectra of Peptides with Deep Learning. Analytical Chemistry, 2017, 89 (23): 12690–12697.
5、 Hao Yang, Hao Chi, Wen-Jing Zhou, Wen-Feng Zeng, Chao Liu, Rui-Min Wang, Zhao-Wei Wang, Xiu-Nan Niu, Zhen-Lin Chen, and Si-Min He. pSite: Amino Acid Confidence Evaluation for Quality Control of De Novo Peptide Sequencing and Modification Site Localization. Journal of Proteome Research, 2018, 17 (1): 119–128.
6、 Hao Yang, Hao Chi, Wen-Jing Zhou, Wen-Feng Zeng, Kun He, Chao Liu, Rui-Xiang Sun, Si-Min He. Open-pNovo: De Novo Peptide Sequencing with Thousands of Protein Modifications. Journal of Proteome Research, 2017, 16 (2): 645–654.
7、 Rui-Xiang Sun, Lan Luo, Long Wu, Rui-Min Wang, Wen-Feng Zeng, Hao Chi, Chao Liu, Si-Min He. pTop 1.0: a High-accuracy and High-efficiency Search Engine for Intact Protein Identification. Analytical Chemistry, 2016, 88 (6): 3082–3090.
8、 Kun Zhang, Yan Fu, Wen-Feng Zeng, Kun He, Hao Chi, Chao Liu, Yan-Chang Li, Yuan Gao, Ping Xu, Si-Min He. A Note on the False Discovery Rate of Novel Peptides in Proteogenomics. Bioinformatics. 2015, 31(20): 3249–3253.