会前培训

第二届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP2012)
质谱数据分析技术培训
2012年11月13日（星期二）
中国科学院计算技术研究所四楼报告厅

培训安排暂定如下（如有修改，我们会及时在网站上通知）：

时间	内容	报告人	备注
8:30-9:00	注册，缴纳培训费，领取会议资料	（计算所一楼大厅）	培训费每人500元，报到时现场缴纳现金。
9:00-10:00	1. 质谱数据常用分析方法 Approaches to MS Data Analysis	孙瑞祥 Sun Ruixiang
10:00-11:00	2. 质谱数据分析评测与实践 MS Data Analysis: Evaluation and Practice	孙瑞祥/邬龙 Sun Ruixiang/Wu Long	带上笔记本电脑，提前申请pFind的注册码和下载准备搜库的质谱数据。
11:00-11:20	休息与讨论
11:20-12:20	3. 蛋白质修饰鉴定的计算问题与方法 Informatics for Protein Modification Identification	付岩 Fu Yan
12:30-13:30	午餐与午休		午餐地点：融科资讯 A座地下一层餐厅
13:30-14:30	4. 肽段从头测序：算法与软件 De Novo Peptide Sequencing: Algorithms and Software	迟浩 Chi Hao
14:30-15:30	5. 定量蛋白质组学 Quantitative Proteomics	刘超 Liu Chao
15:30-15:50	休息与讨论
15:50-16:50	6. 蛋白质基因组学 Proteogenomics	张昆 Zhang Kun
16:50-17:50	7. 蛋白质交联质谱技术 Protein Cross-linking Mass Spectrometry	樊盛博 Fan Shengbo
17:50-18:00	问题与讨论

针对本次培训，我们专门找了一个数据，大家可以试着用pFind或者其他引擎搜索一下，如果遇到什么问题，可以在培训的时候专门询问我们，数据和数据库请见：data.zip，里面包含了mgf谱图文件和fasta数据库文件。

数据信息：样品主要由若干个蛋白混合组成，经过胰蛋白酶（trypsin）酶切后，使用C18反相柱进行色谱分离，使用LTQ-Orbitrap质谱采集数据，采集策略为数据依赖方式（data dependent approach）。一级谱全扫描分辨率设为30000，二级谱碎片离子扫描分辨率设为7500，碎裂方式为高能碰撞裂解（Higher-energy Collisional Dissociation，HCD），碎裂窗口（isolation width）为3 m/z，排除单电荷母离子（charge state 1: rejected）。这样一共得到951张HCD谱图。

下载pFind Studio请到http://pfind.org/downloads.html，里面包括了如何申请软件安装序列号。